Fondé en 1883 et installé dans un bâtiment antisismique construit en 1937, il abrite une collection représentative de la Préhistoire et de l'histoire de la Crète sur les 5 500 ans allant du Néolithique à l'époque romaine, principalement la plus grande collection de Grèce d'objets minoens venus des palais de Cnossos, Phaistos, Malia, Zakros ou Aghia Triada.

Le musée, sur deux étages, comporte vingt-deux salles d'exposition suivant un ordre chronologique, mais aussi des laboratoires, des bureaux et une bibliothèque. Un département spécial, la "Collection scientifique", est dédié au stockage et à la conservation des découvertes récentes. Une boutique et un café sont proposés aux visiteurs. Le musée accueille et organise aussi, en Grèce et dans le monde, des expositions temporaires.